本案是一起较为特别的虚开违法案件。违法分子盗用巨额企业海关完税凭证虚抵进项，继而向全国十几个省市的38家企业大肆虚开，非法牟利，其违法性质恶劣，违法方式可谓挖空心思，不择手段。

在案件调查过程中，由于涉案企业进项虚抵方式较为特别，办案人员针对企业违法特点制订了上下游全链条调查方案，锲而不舍奔走十几个省市外调取证，取证对象覆盖海关、凭证被盗用企业、上游虚开企业和下游受票企业，历时15个月，完成了1.57亿元虚抵进项和1.59亿元虚开销项的取证工作，由此揭开了违法分子虚进虚出，非法牟利的黑幕。

违法分子盗用海关完税凭证虚抵进项违法手段的出现，暴露出税务机关在申报抵扣制度、申报软件功能等方面尚存在漏洞和不足之处，必须及时完善制度机制，有的放矢强化监管，才能避免类似案件和违法行为的再次发生。

为此，税务机关需加强源头管理，制定相关制度明确规定，部分大型粮油经营类企业的海关完税凭证在不申报抵扣仅作成本入账之后，须将凭证信息向税务机关作报备。税务机关在申报系统中建立相关模块或数据库，对相关凭证信息予以标注，以避免出现凭证入账后，其信息因在申报系统中无迹可寻而被违法分子盗用虚抵的情况，使违法分子无机可乘。

此外，应进一步完善国税机关与海关之间的协作工作机制，加快跨部门信息共享平台建设，以此提高双方涉税信息的传递效率。同时，在海关完税凭证比对抵扣环节，应进一步完善稽核软件系统功能，将海关完税凭证中的企业名称、税号、填发日期和商品名等关键信息，纳入系统信息比对范围，以防止不法分子伪造凭证或盗用凭证虚抵进项。同时，对于金额较大的海关完税凭证申报抵扣时，税务机关可在比对和扣除程序之间增加一道审核环节，以确保抵扣管理程序更为严密。