本案是一起较为典型的企业违规加计扣除研发费用、少缴税款的税收风险应对案件。

本案中，税务人员聚焦风险分析时发现的企业涉税疑点，仔细核实涉案企业运营模式、经营状态、研发人员构成和研发成果，在广泛采集第三方信息、充分进行企业摸底调查的基础上，对涉案企业研发费用加计扣除核算情况分项目进行充分细致的风险核查，最终确认企业在费用列支方面的问题，帮助其纠正核算错误，确保税款不流失。

研发费用加计扣除优惠政策，对于增强高新技术企业研发创新能力，降低企业成本，可起到有力的促进作用。但一些高新技术企业在享受优惠政策的同时，在研发费用归集和核算方面常会出现违规扣除项目成本、超范围列支人员和设备研发费用等问题，为企业带来涉税风险。为此，税务机关应采取针对性监管措施，消除税收风险。

构建完善风险分析模型，强化企业研发费用列支监管。税务机关应根据辖区内高新技术企业的实际情况，完善风险分析指标，构建研发费用风险分析模型。风险管理人员应利用外部行业信息网、人力资源网站、第三方涉税信息交互平台和征管数据软件等，加大企业研发费用、人员工资薪金、研发设备投入情况和进销数据等经营信息的采集力度，结合风险模型中的直接投入费用、研发人员工资薪金占比率、研发材料费用限值、收受研发服务发票数量等风险指标，对企业研发费用列支情况实施预警分析，如发现企业存在费用指标疑点，及时采取征管措施。

加强针对性税费政策宣传和业务辅导。企业研发费用加计扣除业务，政策关联度高、核算较为复杂，如企业财务人员对政策理解不到位或专业知识不足，就容易出现涉税问题。为此，税务机关应加大企业相关法规政策宣传和辅导力度，通过召开专题培训会、上门开展业务指导等方式，为企业详解研发费用加计扣除政策，并结合企业研发状况，指导其正确归集成本，降低企业税收风险，同时，防范虚假列支费用逃避纳税违法行为。