进入21 世纪，随着时代的发展和人们对文化需求的不断增长，故宫博物院迎来了新的发展机遇与挑战。

2002年，故宫古建筑整体修缮保护工程启动，这是故宫近百年来进行的最大规模的一次维修，也被称为“世纪大修”。在中央领导的关心下，故宫大修工程由财政部、文化部、国家文物局三个部门联合推动，分为近期、中期、远期三个阶段，总投资近20亿元。

2020年，历时18年的故宫整体维修工程完成了古建筑内外环境整治和整体保护，让故宫重现了往日辉煌。

其间，2004年—2010 年，故宫博物院还进行了“七年文物清理”，把古籍文献、古建类藏品纳入管理体系，摸清了文物家底，共有 180 多万件（套）。2008年，故宫博物院被评为首批国家一级博物馆。